Arrêts maladie, IJSS, subrogation : le casse‑tête hivernal des petites entreprises

Chaque hiver, les TPE et PME voient exploser les arrêts maladie, avec leur cortège d'IJSS, de maintien de salaire, de subrogation et de décomptes incompréhensibles. C'est précisément à ce moment‑là que nombre d'entreprises découvrent que leur gestion sociale n'est pas prête pour la tempête.

La vague hivernale 2025‑2026 : quand tout se dérègle en même temps

Grippe, Covid, bronchiolite, troubles psychologiques... l'hiver 2025‑2026 s'annonce chargé du côté de la santé au travail, si l'on en croit les tendances des deux dernières saisons publiées par Santé publique France. Or, plus les arrêts se multiplient, plus les failles de l'organisation de la paie ressortent de manière violente.

En région parisienne, où les trajets sont longs et les conditions de travail parfois tendues, les TPE se retrouvent particulièrement exposées : un seul arrêt prolongé dans une équipe réduite peut déstabiliser tout le planning, les charges et la trésorerie.

Ce que recouvrent vraiment IJSS et subrogation

Petit rappel sans jargon inutile

Lorsqu'un salarié est en arrêt maladie, la Sécurité sociale peut verser des indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS), sous conditions de cotisations. De son côté, l'employeur peut être tenu, par la loi ou la convention collective, de compléter le salaire (maintien partiel ou total).

La subrogation, c'est lorsque l'employeur perçoit lui‑même les IJSS à la place du salarié, pour les intégrer dans la paie. Sur le papier, c'est fluide. En réalité, dès que les arrêts se succèdent et se chevauchent, l'usine à gaz se met en marche.

Pourquoi les erreurs se multiplient l'hiver

En période creuse, on parvient encore à suivre les arrêts à la main. Mais en janvier ou février, quand les arrêts courts se succèdent, le système craque :

• les dates d'arrêt et de reprise sont mal saisies ;
• les délais de carence ne sont pas correctement appliqués ;
• les montants d'IJSS sont intégrés au mauvais moment ;
• les bulletins de salaire deviennent illisibles pour les salariés.

Résultat : contestations, incompréhensions, temps perdu à expliquer la paie, sans parler du risque de redressement si les IJSS et le maintien ne sont pas traités dans les règles.

Les nouveaux enjeux : télétransmission et contrôles

Le virage dématérialisé... pas toujours maîtrisé

Avec la généralisation de la DSN et des téléservices (AmeliPro, etc.), les flux d'indemnisation maladie sont plus rapides, plus automatisés... en théorie. Dans les faits, les TPE qui n'ont pas une paie bien huilée se retrouvent à courir après les régularisations.

Une DSN mal paramétrée, une erreur sur le statut du salarié, un oubli de subrogation : les IJSS ne sont pas versées au bon bénéficiaire, ou pas au bon moment. Les salariés s'énervent, l'employeur bricole des avances, la trésorerie souffre. Pendant ce temps, les organismes sociaux, eux, n'ont pas d'état d'âme sur les délais.

Des contrôles plus ciblés sur les arrêts longs

Les arrêts de longue durée (plus de 90 jours) attirent désormais davantage l'attention des caisses et de l'URSSAF, notamment sur :

• la régularité du maintien de salaire ;
• la correcte prise en compte des IJSS dans l'assiette de cotisations ;
• les risques de cumul emploi‑arrêt maladie.

En tant que spécialiste du social, un cabinet comme Cap Paye voit passer ces dossiers tout l'hiver. Les erreurs récurrentes sont souvent les mêmes, et elles ne se corrigent pas par magie.

Cas concret : quand trois arrêts courts valent un arrêt long

Prenons une PME de services à Paris : 25 salariés, activité très saisonnière. En janvier, trois salariés clés enchaînent des arrêts courts (4 jours, 7 jours, 3 jours), parfois sans délai entre deux. Sur la paie, cela donne :

• des entrées et sorties d'arrêt multiples dans le mois ;
• des délais de carence qui se recalculent ;
• des IJSS versées par la CPAM avec un décalage ;
• un maintien conventionnel différent selon l'ancienneté.

Si la personne qui gère la paie en interne n'a pas l'habitude de ces cas, l'erreur est quasi inévitable. Un seul décalage sur les IJSS peut conduire à un trop‑perçu de salaire, qu'il faudra récupérer ensuite auprès du salarié ou ajuster sur le mois suivant, au risque de semer la pagaille dans sa trésorerie personnelle.

Les trois chantiers à sécuriser avant les pics d'épidémie

1. Nettoyer vos paramétrages de paie

Avant l'hiver, faites vérifier par un professionnel :

• les règles de maintien de salaire prévues par votre convention collective ;
• la bonne configuration des rubriques IJSS, maintien, complément employeur ;
• la gestion des plafonds et carences dans votre logiciel.

Ce travail de fond fait typiquement partie des missions d'accompagnement des clients pour un cabinet comme Cap Paye.

2. Clarifier vos procédures internes

La paie n'est pas seule en cause : souvent, le problème naît en amont, au moment où l'arrêt est transmis :

• Qui réceptionne les arrêts (papier ou dématérialisés) ?
• Qui vérifie les dates, le motif, la durée ?
• Comment l'information arrive‑t-elle au gestionnaire de paie, et sous quel délai ?
• Comment gérez‑vous les prolongations de dernière minute ?

Une simple procédure écrite, partagée avec les managers, peut éviter une bonne partie des dérapages. Et, incidemment, protéger la relation avec les salariés, qui se perd trop souvent dans les méandres administratifs.

3. Anticiper l'impact sur la trésorerie

La subrogation est souvent choisie sans vraie réflexion. Pourtant, elle impacte directement votre trésorerie :

• si vous maintenez le salaire sans percevoir les IJSS (absence de subrogation), vous avancez une somme importante, parfois pendant des mois ;
• si vous êtes subrogé mais que les flux sont mal gérés, vous jonglez avec les trop‑perçus et les retards ;
• dans tous les cas, une vision claire est indispensable pour piloter votre trésorerie.

C'est un point qui mérite d'être abordé avec votre expert‑comptable ou votre cabinet d'externalisation de la paie, pour choisir le dispositif le plus cohérent avec la taille de votre structure.

Actualité : santé mentale et arrêts longs, le tabou qui explose

Les statistiques récentes de l'Assurance Maladie montrent une hausse continue des arrêts liés aux troubles psychiques (burn‑out, dépression, anxiété). Ces arrêts, souvent longs, sont aussi les plus complexes à gérer socialement : retour progressif, temps partiel thérapeutique, reclassement éventuel.

Ignorer cet enjeu est une erreur stratégique. La prévention des risques psychosociaux, la qualité de l'organisation du travail, l'adaptation des charges sont devenues des sujets centraux. Le site de l'Assurance Maladie propose d'ailleurs des ressources utiles aux employeurs : ameli.fr - espace entreprises.

Où s'arrête la paie, où commence la gestion RH ?

Sur les arrêts maladie, la frontière est floue. Beaucoup d'employeurs se fient exclusivement à leur logiciel, alors que les vrais enjeux sont transversaux :

• échanges avec le médecin du travail ;
• adaptation du poste au retour ;
• suivi de l'absentéisme par service ;
• dialogue avec les représentants du personnel, le cas échéant.

Un cabinet comme Cap Paye ne se contente pas d'émettre des bulletins : il accompagne aussi sur ces sujets d'organisation RH, en lien avec les réalités opérationnelles des TPE et PME.

Ne plus subir les arrêts maladie : vers une stratégie assumée

Pour beaucoup de dirigeants, l'arrêt maladie est abordé comme une fatalité : on traite au fil de l'eau, on ajuste la paie tant bien que mal, on peste contre la complexité. C'est compréhensible, mais ce n'est pas une stratégie.

La vraie bascule se fait quand l'entreprise :

• cartographie ses postes et ses risques d'absentéisme ;
• met en place des outils de suivi simples mais rigoureux ;
• formalise sa politique de maintien de salaire, en s'appuyant sur un spécialiste du social ;
• anticipe les impacts financiers et organisationnels.

C'est dans ce type de démarche que l'externalisation de la paie et de la gestion sociale prend tout son sens, en particulier pour les entreprises situées dans des zones tendues comme l'Île‑de‑France.

Prendre une longueur d'avance avant le prochain hiver

Les épidémies reviendront, les arrêts maladie aussi. Ce qui changera, c'est votre capacité à les encaisser sans chaos administratif. Plutôt que de subir une nouvelle saison de bricolage, c'est peut‑être le moment de faire auditer vos pratiques par un cabinet à la pointe des règles sociales.

Un diagnostic ciblé sur la gestion des arrêts, des IJSS et de la subrogation peut suffire à vous éviter des mois d'approximation. Et si besoin, vous pourrez aller plus loin avec une externalisation de votre paie. L'objectif n'est pas de faire joli dans les classeurs : c'est de passer l'hiver sans transformer chaque arrêt maladie en casse‑tête pour vous et vos équipes.